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Plusieurs navires militaires portèrent le nom de Emden. Quatre croiseurs légers furent baptisés du nom de la ville, dont 3 seulement naviguèrent. D'abord le croiseur léger SMS Emden de classe Dresden lancé le 26 mai 1908 à Dantzig en Prusse et détruit en 1914 par le croiseur australien HMAS Sydney lors de la bataille des iles Cocos. Puis le croiseur léger SMS Emden de classe Königsberg lancé en 1915 et cédé à la France en 1920 au titre des réparations de guerre, ferraillé en 1926. Enfin le croiseur léger Emden de classe Emden lancé le 6 janvier 1925, qui servit dans la flotte de la Baltique lors de la Seconde Guerre mondiale et fut sabordé en avril 1945. Le croiseur léger Ersatz Emden de classe Cöln ne fut jamais lancé, sa construction fut interrompue par la fin de la Première Guerre mondiale et il fut ferraillé incomplet en 1921.
Après la Seconde Guerre mondiale 2 navires reçurent ce nom. La frégate Emden de classe Köln lancée en mars 1950, est vendue à la Turquie en 1983 et prend le nom de Gemlik II. La frégate Emden de classe Bremen de la marine allemande actuellement en service est le sixième navire militaire à porter ce nom. Lancé en 1980 et commissionné en 1983 c'est le seul des six navires qui a effectivement été construit à Emden même aux chantiers navals Nordseewerke.
Le croiseur Emden troisième du nom a participé à une campagne hydrographique en 1927 aux Philippines. Il a donné son nom à un seuil de 10 400 m de profondeur de la Fosse des Philippines, Emdentief en allemand.
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